Doc GOMI

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SARSCOV2 un virus des villes, pas un virus des champs. Effet de masse critique en zone urbaine.

Je suis médecin généraliste, passionné de microbiologie, diplômé d'une maitrise de microbiologie de l Université de Rennes 1. J'observe sur le terrain clinique les épisodes hivernaux, je parle beaucoup avec les chercheurs en microbiologie vétérinaire qui m'ont beaucoup apporté et ont une vision plus fine que la nôtre, ayant accès a des terrains d'expérimentation (les élevages) qui leurs permettent d 'évaluer l'influence de la génomique, des co infections, de l'environnement, et qui n'en restent pas aux constats cliniques, multipliant les sérologies, les PCR, et pratiquant des autopsies.

 

Ils m'ont appris que ce que l'on voit est parfois très éloigné de la réalité, et que la maladie n'est qu'un état particulier au cours d'une infection, dont la réalité , le développement , la transmission nous échappe bien souvent.

 

C'est à ce prisme que j 'observe l'épidémie en cours, ou, comme en 2009, nous avons focalisé notre attention sur les malades, alors que ce virus a bien d'autres ressorts. Nous avons concentré les premiers cas à l'hôpital, et c'est bien normal : notre culture occidentale et française est totalement centrée sur l 'hôpital , et quand il se passe quelque chose d 'important, c'est à l'hôpital de résoudre le problème. 

 

Nous sommes aveugles, comme en 2009 (H1N1), parce que la majorité de ce qui se produit nous échappe, je plaidais il y a 6 semaines pour une visibilité populationelle, car adopter une doctrine, lutter contre un ennemi qu on ne voit pas, méconnaitre ses forces et ses faiblesses rend le combat incertain, et les mesures incertaines.

 

Depuis le début de cette épidémie, la modélisation épidémiologique et la doctrine qui en découle est assez simple : une contagiosité estimée à 2,7 fois celle de la grippe, un temps de doublement de 6,7 jours, et un temps de portage asymptomatique qui rend le contrôle compliqué, nécessitant d'isoler les malades mais aussi d'identifier leurs contacts, et d'isoler les vecteurs. Nous avons fait ce travail a partir d'une définition de cas excluant les symptomatiques ne revenant pas du Hubei ou de Lombardie.

 

J'ai passé un mois a essayer de comprendre cet ennemi en faisant le pont entre des données virologiques classiques assez souvent méconnues des cliniciens, et des données épidémiologiques dont les producteurs sont généralement plus mathématiciens que cliniciens.

 

Depuis trois semaines, de multiples données de terrain ont attiré mon attention , qui ne collaient pas avec le modèle connu et appliqué de propagation classique, exponentiel avec un décalage temporel lié a la période d'incubation ; j ai surveillé les chiffre italiens et français, qui ne décollaient pas hors cluster, et constaté l'anormal centrage persistant sur les zones de cluster d'origine (le confinement ne suffit pas à expliquer celà pour une maladie 2,7 fois plus contagieuse que la grippe) ; j ai constaté que dans environ quarante départements il ne se passait rien ou presque (sauf EHPAD), le confinement ayant donné un plein effet, quand en zone de cluster, les chiffres continuaient d'exploser. J 'ai constaté et alerté (dès fin février) sur le risque majeur dans les EHPAD et SSR.

 

Plusieurs éléments connus du SARS2003 ainsi que divers éléments m'ont donné des pistes, ainsi que les retours d'expérience étrangers selon la doctrine adoptée (Allemagne Corée Japon Australie versus France Italie en particulier).

 

Mes conclusions (ainsi que les données d 'études) sont celles ci :

 

- notre population étant immunologiquement totalement naive sans protection croisée (a priori), l'importance des inoculum viraux et leur répétition avant la phase symptomatique est à même de provoquer une forme plus symptomatique ou plus grave.  C’est une donnée "classique" en virologie, dont il n'a pas été tenu compte jusqu'à présent dans la modélisation, et je mets cette donnée au premier plan de mes réflexions, d autant plus que ce facteur joue un rôle probablement plus prépondérant en l'absence totale d immunité. (non validé, hypothèse personnelle).

 

- la charge virale est corrélée a la gravité de la maladie.  (validé)

 

- en zone de cluster le phénomène de masse critique se produit lorsqu un individu est à même de recevoir plusieurs inoculum viraux, de façon répétée, déclenchant une forme plus grave ou plus symptomatique, provoquant une excrétion plus forte (toux), avec de plus nombreux cas secondaires, eux mêmes plus symptomatiques (hypothèse personnelle).

L'existence des "superspreaders" (individus fortement excréteurs même si ils sont peu symptomatiques) est discutable, leur caractéristique étant de contaminer parfois 20 ou 40 personnes quand le taux admis est proche de 2,7 ; il y a de forts excréteurs , mais il y a surtout des situations claires de forte propagation : lieu confiné ou grande foule compacte, qui provoquent des contagions de masse.

 

- hors cluster les contaminations peuvent se produire a très bas bruit et sans visibilité : selon Bedford (USA) , 1200 personnes ont été contaminées avant l'épisode très visible du cluster de Seattle, ce qui est retrouvé dans l 'étude italienne qui fait remonter l'épidémie a une période précédant sa visibilité.

 

- hors cluster le phénomène de masse critique peut se produire dans les établissements de soins, ce qui explique l'extrême nosocomialité du CO19. Ce phénomène est aggravé par de possibles aérosolisations ponctuelles (oxygénothérapie) mais aussi par le risque microdroplet : parallèlement aux droplets, des microdroplets sont produites lors de la toux, la parole, et le chant , qui peuvent rester en suspension ; leur potentiel contaminant n'est pas avéré, mais seraient une excellente explication aux phénomènes observés en lieu confiné ou lors des grandes manifestations de foule (réunion église évangélique et match de football).

 

- Hors cluster il est envisageable que la voie de contamination soit préférentiellement contact, moins de formes sévères, moins de toux , moins de droplets, provoquant des cas secondaires moins sévères ; sauf quand le virus entre dans un lieu confiné avec plusieurs excréteurs (EHPAD) et une population fragile.

 

Tout ceci explique beaucoup de "détails" :

 

- le centrage persistant sur les clusters et leur dynamique

- l extrême variabilité du CFR de 0,4% à 20% (hors cluster/dans un cluster)

- l' extrême variabilité du R estimé à 18 en situation de confinement (étude japonaise) quand il est généralement de 2,7 dans les modèles mathématiques (la cinétique de contagion est donc liée à l urbanisme et aux lieux confinés, aux foules).

- la diminution de l'âge des cas réa a mesure de la constitution du cluster (avant une notion de tri), les patients moins fragiles et moins suceptibles de faire une forme grave devenant a risque par augmention des inoculum viraux répétitfs. 

- l'absence de dynamique hors cluster même après importation de personnes contaminées : l urbanisme, les transports en commun, l hôpital local ne participant pas à la dynamique

- l'explosion de mortalité dans les EHPAD (alors qu il ne se passe rien ou presque hors EHPAD dans presque 40 départements.

 

Tout ceci explique l'extrême pertinence de certaines pratiques et politiques appliquées dans les pays qui maitrisent en évitant d'atteindre un seuil de criticité que l on retrouve en zone de cluster.

 

Phénomène de masse critique (hypothèses personelles) : quelles conséquences en terme de doctrine ?

 

Nous avons vu que dans un cluster, plusieurs éléments convergent , expliquant leur dynamique :

un nombre de cas plus important avec une cinétique plus rapide d'apparition des cas, par augmentation du R lié a des conditions d'urbanisme (foules, locaux clos, rassemblement de personnes en locaux clos, rassemblement de malades à l 'hôpital et cas secondaires en intrafamilial chez les soignants, transports en commun , métro/rer/bus/tramway). Probabilité d inoculum répétés augmentant à mesure de cette dynamique en même temps qu'augmente la charge virale des contaminés.

 

Le plus important étant sans doute au delà de cette dynamique, un impact fondamental sur la létalité , fonction de la charge virale : dans les pays qui maitrisent (même sans confinement) la létalité baisse à 0,4% et on peut dans ce cas parler de très grosse grippe (CFR fois 4) ; dans les clusters, elle décuple, voire plus. J'ai cru un moment que ceci était lié à la désorganisation ou au grand âge (Italie) , mais ceci me semble une explication secondaire, par rapport au fait principal : c'est la charge virale qui fait évoluer la létalité en zone de cluster.

 

La question est donc de savoir comment éviter d'entrer dans ce régime de fonctionnement ; selon la part de population immunisée (études sérologiques en cours) , il faudra peut être que nous apprenions à vivre avec ce virus, et ceci n'est pas hors de portée. Le japon et la Corée , peut être l'Allemagne semblent nous donner de très sérieuses pistes. Je compléterai cet article rapidement pour évoquer ces pistes.

 

 

 

 

Ceci est un premier jet destiné à être complété et enrichi des références bibliographiques.

 

 



02/04/2020
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